Vid grundare vatten kan satellitdata, flygfotografier och höjddata från så kallade lidarsystem användas, men längre ut i kustzonen och till havs utförs i praktiken undersökningen uteslutande från fartyg och båtar. För att avbilda havsbottnen från fartyg används främst akustiska metoder med ljudkällor som sändare. Detta för att ljud fortplantar sig lätt och över stora avstånd i vatten till skillnad från ljus och radiovågor som snabbt dämpas och dör ut.

De akustiska mätsystemen kan antingen avbilda ytan på havsbotten eller har förmågan att penetrera lösa sedimenten såväl som underliggande berggrund och ge en vertikal bild av bottnen är uppbyggd.

Vid undersökningarna används också provtagningssystem som tar upp sedimentprov och sedimentkärnor. Undervattenskameror används för att fotografera eller filma havsbotten. Dessa bottenprov och fotografier är nödvändiga för att med säkerhet definiera vad signaturerna i den akustiska avbildningen verkligen representerar och för att bestämma sediments egenskaper i detalj. Sedimentprover från bottnarna analyseras också för att kartlägga miljögifter.

SGU har två farkoster i sin flotta för maringeologisk kartering. Fartyget S/V Ocean Surveyor för vattendjup över 6-10 meter och undersökningsbåten S/V Ugglan där det är grundare (från 2-3 meters djup).

Läs mer om SGUs undersökningsfartyg
Läs mer om utrustning för kartläggning av havsbottnen